De goda hamnförutsättningarna och det korta avståndet från stadskärnan ledde till att industrin etablerade sig tidigt på Kvarnholmen och Gäddviken. Redan 1621 etablerades Gäddvikens Bäckbruk här, 1871 tillkom en fabrik för  konstgödsel och svavelsyra.

”Hästholmen med sitt relativt skyddade läge, sina branta klyftor och utmärkta gömställen är en omtyckt tillflyktsort för lurendrejare”

– Carl Gustav Tessin, 1700-talet
Kvarnholmen (eller Hästholmen som den hette då) var relativt obebott innan slutet på 1800-talet och illa beryktat.

Aktiebolaget Tre Kronor köper mark och uppför Qvarnen Tre kronor som i 90 år kom att vara centrum för Sveriges bageriverksamhet.

1922 köptes Qvarnen Tre Kronor och så småningom hela ön av Kooperativa Förbundet för att få ner livsmedelspriserna genom egen produktion. Det blev startskottet för en epok i livsmedelsindustrins historia som kom att prägla hela Sverige.

KF stängde kvarnen under ett år för att bygga om och omvandla den tekniskt till världens mest effektiva kvarn.

När KF tog över Kvarnholmen präglades utvecklingen av en pionjäranda både vad gäller, teknik- och samhällsutveckling. Här fick bland annat funktionalismen sitt genombrott i Sverige: Sveriges första industrifunktionella silo uppförs. Havrekvarnen, en föregångare för funkisarkitekturen, byggs. Funktionalismen fokuserar på att inte dölja funktionen bakom sirliga tegelfasader, den skulle visas och till och med framhävas.  på 30-talet byggs även Sveriges första område med funkisradhus för kvarnens arbetare och tjänstemän.

Utvecklingen på Kvarnholmen speglade framväxten av det svenska folkhemmet i mitten på 1900-talet. Kvarnholmen blev med sina funkisbostäder, sin butik, och sin disponentvilla ett koncentrat av vad man inom det socialdemokratiska Sverige strävade efter; ett rationellt, sakligt men på samma gång ljust, hygieniskt och humanistiskt brukssamhälle.

Under Kvarnens glansdagar som arbetsplats fanns marketenteri med matsal och omklädningsrum, post, bibliotek, tennisbana och morgongymnastik för arbetarna. Kvarnholmen hade även sin egen kör, skytteklubb och spisbrödsbalett.

KF fortsatte under många decennier att bygga till, automatisera och effektivisera produktionen. Men på 1980-talet började lönsamheten att gå ner och den ena verksamheten efter den andra avvecklades. 1992, 70 år efter att KF först köpt kvarnen, valde KF att lägga ner all verksamhet på Kvarnholmen.

”Kvarnholmen ska göra Sverige till en intellektuell stormakt!”

– Per Unckel, utbildningsminister, 1994 om planerna att förlägga ett universitetscampus på Kvarnholmen. Men valet föll på Södertörn istället.

Efter millennieskiftet började arbetet med att väcka ön ur sin slumrande tillvaro. Det fanns storslagna planer för Kvarnholmen och KF utforskade möjligheten att förlägga ett Nobelcentrum, en ny högskola, ett östersjöcentrum och ett konst campus. Men inget föll i god jord.

Efter 90 år på Kvarnholmen säljer KF säljer sin andel av Kvarnholmen till Folksam och Peab.

Efter drygt tre års byggande invigs den 11 juni 2016 den efterlängtade Kvarnholmsförbindelsen – bron över Svindersviken och tunneln under Ryssberget – av Mats Gerdau (Nacka kommun) och Nicklas Backfjärd (KUAB). Bron öppnade för biltrafik 21 juni kl 12.00.

Havrekvarnen på Kvarnholmen är ett landmärke i svensk arkitekturhistoria och byggnadsteknik. Efter decennier av förfall blev den slutligen byggnadsminnesförklarad, riven och återuppbyggd till 1928 års skick.

De gamla fönstren, med fönsterbågar i metall och lister i teak har varsamt renoverats. Inredning och färgsättning är densamma som i originalbyggnaden, med öppna våningsplan och synliga bärande bjälkar och pelare. Delar av produktionsutrustningen som fanns i Havrekvarnen har restaurerats och ställts tillbaka, som ett minne av verksamheten som en gång pågick.